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DNA水平检测
多核苷酸多态性（SNP）
多核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入形成的遗传标记。SNP数量众多，多态性丰富，是基因组学研究中的第三代遗传标志。人体的生理差异、对疾病的易感性、对药物反应等都与SNP有关。根据估算，人类基因组大约每1000个碱基就有一个SNP，SNP的总量约为3×10-6。
1. SNP的应用
Ø 致病基因定位
Ø 易感基因定位
Ø 群体遗传学
Ø 药物基因组学
2. SNP的检测方法
Ø 常规方法
包括PCR-单链构象多态性（PCR-SSCP）分析、聚合酶链反应-限制性片段长度多态(PCR-RFLP)、变性高压液相（dHPLC）和杂合双链分析法(HA) 等。这些分析方法速度慢、通量低、难以判断碱基类型，无法进行大规模筛选。
Ø DNA Sanger测序
Sanger测序法又称双脱氧末端终止法，原理是采用核苷酸链终止剂—2,3-双脱氧核苷酸终止DNA的延长。根据碱基配对原则，每当DNA聚合酶需要dNMP参入到正常延长的DNA链中时，就有两种可能性，一是参入ddNTP,结果导致脱氧核苷酸链延长的终止；二是参入dNTP,使DNA链仍可继续延长，直到参入下一个ddNTP。根据这一方法，就可得到一组以ddNTP结尾的长短不一的DNA片段。在尿素变性的PAGE胶上电泳，即可获得DNA序列。见图1。
图1. Sanger法测序原理
Ø 深度测序
深度测序技术是可一次性对几十万到几百万条DNA分子进行并行测序的测序技术，可进行SNP，cSNP（编码序列单核苷酸多态性）等研究。原理见图2。
图2. 深度测序的基本原理
Ø SNP芯片
是一种高通量SNP检测方法，其原理是将大量探针分子固定于支持物上后，与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度，获取样品分子的数量和序列信息。原理和流程见图3。
图3. 芯片检测的原理及流程
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